La struttura amministrativa della Corte è organizzata in tre aree: due, civile e penale, che seguonodelle Sezioni giurisdizionali dell'Ufficio; la terza che si occupa dei servizi amministrativi. Le prime due sono articolate in settori:

L'area civile è articolata nei settori contenzioso, volntaria giurisdizione e lavoro.L'area penale è articolata nei settori dibattimento ordinario,  Assise, Minori, giudice dell'esecuzione.

L’area amministrativa, si occupa delle risorse umane (personale di magistratura e amministrativo dell'Ufficio e del distretto) e materiali (beni e servizi), del Consiglio giudiziario, degli esami e concorsi,  del servizio protocollo-corrispondenza-archivio,  dei servizi contabili (spese di giustizia, recupero crediti, funzionario delegato distrettuale per le spese di giustizia, funzionario delegato distrettuale spese di ufficio, pagamento emolumenti giudici onorari, personale amministrativo e UNEP  del distretto) della formazione distrettuale del personale di magistratura e amministrativo, dei servizi elettorali.

La direzione di questa complessa struttura è affidata, secondo gli indirizzi del Presidente del della Corte, ad un Dirigente dello Stato, con le attribuzioni di cui al Decreto Legislativo n° 165 del 2001 e, con particolare riguardo agli Uffici Giudiziari, al Decreto Legislativo n° 240 del 2006.

Dal 29 settembre 2014 dirigente amministrativo della Corte di Appello di Ancona è il dott. Giorgio De Cecco, in servizio nell’Amministrazione della Giustizia dal 1987, dirigente amministrativo dal 1999.